質量控制的目的是保證魚粉、魚油不摻雜其他物質，含有較高的營養價值，以充分發揮其作用。產品質量包括新鮮度及外觀等物理性質、感官特性以及營養價值。
下列為魚粉、魚油質量控制的重要因素：
原材料新鮮度：原材料的新鮮度對制成品的蛋白質質量密切相關?？s短鮮魚從捕獲到加工的時間間隔，以及使用冰水保鮮，防止鮮魚變質是十分重要的。鮮魚變質會產生生物胺，例如組胺和尸胺，這些物質可以作為判斷魚粉新鮮度的指標。
? 加工過程的溫度控制：工廠的加工控制對于生產高品質魚粉有重要作用。蒸煮及烘干溫度控制在90℃以下能提高制成品的營養價值，尤其能提高制成品的消化率，同時滅活原材料中含有的有害細菌。
? 脂肪穩定度：魚粉、魚油中EPA和DHA等多重不飽和脂肪酸的含量較高，容易氧化變質，需向其中添加乙氧喹等抗氧化劑，在炎熱環境中更應如此。
? 衛生控制：為提高制成品的質量，漁船儲存鮮魚的裝置、運輸設備、工廠儲魚池等裝置及設備都必須潔凈、衛生，以防鮮魚變質。生產工廠應干濕分離，并盡可能地減少不同生產程序之間的人員及設備流動。生產工廠應采取措施防止沙門氏菌或霍亂弧菌、志賀氏菌對制成品的污染。因此，應謹防生產廠房有其他昆蟲、動物或鳥類糞便的存在。工廠應制定一套切實可行的衛生控制體系。
養殖動物是很多人類食品的原料來源。因此，安全衛生的動物飼料對動物及人類健康都有重要的影響，飼料及食品鏈的安全也成為整個產業的首要目標。國際飼料安全聯盟（IFSA）由歐洲主要的飼料產業控制協會聯合組成，其中包括以飼料原料保證機制（FEMAS）為標準的英國工農業聯盟、以優良動物飼料生產規范（GMP）為標準的比利時OVOCOM組織、以飼料生產行業產品質量與安全保障體系標準（GCM+）為標準的荷蘭動物飼料產品委員會（PDV）、以動物飼料質量標準手冊（QS）為標準的德國QS組織以及歐洲飼料產業聯盟 (FEFAC)。這個體系以ISO 19011:2002和“危害分析關鍵控制點（HACCP）”機制為基礎，標準涵蓋了對申請人及審計人的具體要求。“危害分析關鍵控制點（HACCP）”機制需要外部檢測人員確定關鍵控制點，嚴格監控及記錄相關信息。一旦出現任何容許范圍外的偏差，外部檢測人員應立刻調查，同時詳細記錄所發生的問題及解決方式，以備查詢。質量保證體系確保產品安全、純凈、可追溯。
可追溯性：魚粉、魚油使用者可以追蹤魚粉、魚油自生產至運輸、儲存的全部過程。
安全性：魚粉、魚油的雜質、純度等各項指標均達到法律規定的質量標準，不含致病生物、真菌毒素及天然毒素等。
無污染：魚粉、魚油生產工廠應僅處理海魚或其他海洋甲殼或軟體動物，而不能處理哺乳動物或鳥類等其他種類的動物。生產工廠需要確立一個有效的檢測機制，以防在生產加工過程中魚粉、魚油被污染。
資料參考：IFFO
